En 1932, José María Pérez, sin pertenecer aún al sector del transporte, organizó como miembro de la Liga Juvenil Comunista la huelga de choferes de la Empresa de Ómnibus Cuba SA, la cual arbitrariamente lanzó a la desocupación a más de 700 empleados.
Al año siguiente toma parte en un movimiento huelguístico de la citada empresa cuya magnitud sumó a trabajadores de otros sectores, paralizó la vida económica del país y derrocó por último al régimen machadista.
Las demandas planteadas por José María Pérez, en representación de sus hermanos de clase, fueron conquistadas en su mayoría: la reposición de los desplazados, la creación del escalafón laboral y la pareja de chofer y cobrador para cada carro, así como aumentos salariales y supresión del despido arbitrario por parte de la patronal.
En 1935 consiguió formar el primer Sindicato de Transporte y en el 1936 pasó a la Secretaría General de Empleados y Obreros de Ómnibus Aliados. En 1938 lideró la fundación de la Federación de Trabajadores de la Provincia de La Habana y participó al siguiente año en la constitución de la Confederación de Trabajadores de Cuba.
Pronto sus compañeros en la Terminal de Ómnibus donde laboraba en La Habana lo nombran miembro del Comité Sindical y forma parte del Departamento Juvenil de la Confederación Nacional Obrera de Cuba (CNOC). Trabajó en el establecimiento del Centro Benéfico Jurídico. Fomentó en Lawton una escuela para 200 niños hijos de trabajadores y promovió centros culturales en los paraderos de varia rutas.
En 1940 lo eligieron suplente a la Asamblea Constituyente y poco más tarde Representante a la Cámara. Al producirse en 1947 la división del movimiento obrero por parte de gangster sindicales amparados por el gobierno, el líder José María Pérez Capote se enfrentó resueltamente al asalto de los sindicatos y a la imposición de falsos dirigentes.
Combate a la dictadura impuesta después del golpe de estado del 10 de marzo. Tras varios encarcelamientos, el 20 de noviembre de 1957 sicarios a las órdenes de un connotado asesino lo secuestran y torturan salvajemente para lanzarlo al mar desde una embarcación.